Վարչապետ Կարէն Կարապետեանի որոշմամբ Աշոտ Մարգարեանը նշանակուած է Հայաստանի Հանրապետութեան վարչապետի օգնական։ Մինչ այս պաշտօնը ստանձնելը Աշոտ Մարգարեանը Լեռնային Ղարաբաղի Հանրապետութեան վարչապետ Արայիկ Յարութիւնեանի օգնականն էր:
«Հիմք ընդունելով Հայաստանի Հանրապետութեան Նախագահի 2007 թուականի յուլիսի 18-ի ՆՀ-174-Ն հրամանագրով սահմանուած կարգի 121-րդ կէտի 6-րդ ենթակէտը՝ Աշոտ Մարգարեանին նշանակել Հայաստանի Հանրապետութեան վարչապետի օգնական»,-նշուած է որոշման մէջ։
Մարգարեան 2014թ. յունուարէն եղած է Եւրասիական հետազօտութիւններու եւ վերլուծութեան հիմնարկի համանախագահ եւ նոյն հիմնարկի Երեւանեան գրասենեակի տնօրէն: